С конца 1898 г. в письмах Ленина родным непрерывно появляются печальные строки о больном друге. В довершение всех бед именно тогда произошло событие, резко ухудшившее его и без того тяжелое положение. Владимир Ильич так сообщал М. А. Ульяновой об этом:

«…Анатолий все хворает. С ним случилась еще невзгода: пришел приказ перевести его в с. Анциферово (несколько десятков верст к северу от Енисейска по дороге в Туруханск) — новая ссылка в наказание за то, что ссыльный Махновец (пришедший нынче зимой) бежал и дал кому-то адрес Анатолия. Из этого заключили каким-то непостижимым образом, что Анатолий должен был знать о бегстве! Пока Анатолия не высылают по болезни, — он и не выходит даже. Подал прошение о переводе в Минусинский округ или о переводе в Россию для лечения».[6]

Ванеев угасал на глазах жены и друзей, а начальство не торопилось переводить его в другое место. «Бедняга Анатолий все болен, температура доходит до 40°. Говорят, что у него чахотка — от него это, разумеется, тщательно скрывают. Дело же об его переводе в Минусинский округ все еще не решается»,[7] — писал Ленин матери.

Только в апреле 1899 г. Анатолию Александровичу разрешили переехать для лечения в Красноярск, а затем, в июне, его перевели в село Ермаковское, находящееся верстах в тридцати от Шушенского.

В Ермаковское, где жили сосланные по делу «Союза борьбы» В. К. Курнатовский, П. Н. и О. Б. Лепешинские, М. А. Сильвин и Н. Н. Панин, Ванеевы приехали в жаркий летний день. Друзья знали о тяжелой болезни Анатолия Александровича, но, только увидев его, с горечью поняли, что дни их соратника сочтены: перед ними предстал совершенно изможденный человек, который не мог даже ходить без посторонней помощи.

Несмотря на тяжелое состояние, Ванеев был глубоко убежден в том, что обязательно поправится, если съездит на лечение в Крым, и он просил товарищей помочь ему в этом. Достаточно ему было высказать такое пожелание, и Владимир Ильич начал хлопоты. 7 августа 1899 г. он писал: «Получил я, дорогая мамочка, письмо твое от 15.VII. Большое mersi за него и за исполнение просьбы относительно Анатолия. Я надеюсь повидать его еще на этих днях: говорят, он совсем плох, кровь идет горлом страшно сильно, отхаркиваются даже куски легкого…».[8]

Друзья всячески поддерживали в Ванееве бодрость духа: старались в его присутствии быть веселыми, затевали горячие политические споры и разговоры. И именно состояние Ванеева предопределило выбор места для проведения в эти дни срочного и важного совещания ссыльных марксистов.

Незадолго до приезда Анатолия Александровича в c. Ермаковское ссыльнопоселенцы Минусинского уезда получили документ, составленный лидерами «экономистов», выступавших против политической борьбы рабочего класса, против создания политической партии российского пролетариата. Этот документ, носивший претенциозный характер символа веры («Credo»), вызвал возмущение всех подлинных революционеров-марксистов. По просьбе товарищей В. И. Ленин написал глубоко аргументированный «Протест российских социал-демократов»,[9] разоблачавший отступничество «экономистов» от марксизма, их оппортунизм. Решено было срочно собрать совещание ссыльных социал-демократов, на котором обсудить и подписать текст написанного Лениным «Протеста».

Зная, что Ванеев будет благодарен товарищам, если обсуждение и подписание документа состоится с его участием, Владимир Ильич и предложил, несмотря на связанные с этим трудности, собраться в селе Ермаковском. Это было последнее для Ванеева собрание революционеров, в котором он принял активное участие и даже, собравшись с силами, выступил с речью.

Важнейший политический документ российской социал-демократии подписали 17 ссыльных революционеров: В. И. Ленин, Г. М. Кржижановский, Н. К. Крупская, З. П. Невзорова, В. К. Курнатовский, П. Н. Лепешинский, Н. Н. Панин, О. Б. Лепешинская, В. В. Старков, А. А. Ванеев, А. М. Старкова, Е. В. Барамзин, А. С. Шаповалов, Д. В. Ванеева, О. А. Энгберг, М. А. Сильвин, Ф. В. Ленгник.

Разосланный текст «Протеста российских социал-демократов» был позднее подписан колониями ссыльных в Туруханске и Орлове (Вятской губернии), а затем переправлен для публикации за границу Г. В. Плеханову. «Протест» получил широкое распространение и сыграл важную роль в борьбе против оппортунизма, способствуя развитию марксистской мысли и созданию пролетарской партии в России.

Через несколько дней после августовского совещания Владимир Ильич с горечью писал матери: «Анатолию все хуже и хуже»,[10] а 11 сентября поведал ей скорбную весть: «Приходится сообщить тебе, дорогая мамочка, очень грустную новость: 8-го IX умер Анатолий и 10.IX мы его похоронили в селе Ермаковском. Надежды на выздоровление не было уже давно, и в последнее время болезнь развивалась страшно быстро. Жена его остается пока в селе Ермаковском».[11]

Хоронили Анатолия Ванеева в один из первых морозных дней сибирской осени. Владимир Ильич произнес прощальную надгробную речь, рассказал, каким замечательным, светлым человеком был его ушедший друг, что погубил его проклятый царский строй, что все они, его товарищи, клянутся продолжать святое революционное дело, за которое он отдал свою молодую жизнь.

Вскоре после смерти А. А. Ванеева на его могиле появилась массивная металлическая плита, на которой значилось: «Анатолий Александрович Ванеев. Политический ссыльный. Умер 8 сентября 1899 г. 27 лет от роду. Мир праху твоему, товарищ».

Когда в 1936 г. на могиле А. А. Ванеева был установлен памятник, в него бережно вмонтировали старую надмогильную плиту. Сибиряки твердо убеждены, что плита эта была заказана Владимиром Ильичем Лениным.