Королева-мать и канцлер Лопиталь во что бы то ни стало хотели установить религиозный мир. Вплоть до решения вопроса о восстановлении церковного единства запрещались преследования по религиозному признаку. Январским эдиктом 1562 г. («Эдиктом терпимости») кальвинистам была дарована свобода вероисповедания вне городов. Тем не менее им запрещалось проводить открытые собрания в городах, чтобы не смущать католиков. Это был беспрецедентный шаг. До сих пор всякое государственное единство мыслилось лишь как единство «общины верных». Однако январский эдикт не устраивал гугенотов, повсеместно желавших нести свет истинной веры, обратить в нее короля и народ и искоренить «идолопоклонство» католического культа. Еще менее эдикт нравился католикам.
1 мая 1562 г. люди герцога Гиза разогнали молитвенное собрание гугенотов в городе Васси. Оно было незаконным, согласно букве январского эдикта. Но когда солдаты Гиза взломали амбар, в котором оборонялись гугеноты, они убили и ранили многих из собравшихся, среди которых были женщины и дети. Убийства в Васси и стали поводом для начала Религиозных войн, которые с перерывами продолжались до 1598 г. Католический Париж встречал и без того популярного Франсуа Гиза как спасителя веры. Во многих городах происходили избиения гугенотов. Королевские чиновники, муниципалитеты и даже парламенты преследовали протестантов, попросту игнорируя королевский эдикт. Таким образом, оказалось, что рост государственного аппарата вовсе не гарантировал эффективности управления страной. Чиновники, чувствуя определенную независимость, руководствовались своими представлениями о государственных интересах и часто оказывались верными тому или иному принцу в большей степени, чем королю.
Но гугеноты оказались хорошо подготовленными к войне. За несколько недель они захватили свыше 200 городов, среди которых были такие крупные центры, как Лион, Руан, Тур, Орлеан, Монпелье и др. В конфликт оказались быстро втянуты и соседние страны. Король Испании Филипп II направил на помощь французским католикам войска и деньги. Принц Конде, в свою очередь, обратился с просьбой о помощи к английской королеве Елизавете I.
На какое-то время королевская власть оказалась в вакууме. Гизам удалось установить контроль над королем, обеспечив ему защиту. Гугеноты использовали фактор внезапности и опирались на воинственное провинциальное дворянство. Главным преимуществом католиков было то, что они действовали от имени короля. Поэтому на их стороне оказались и многие протестанты. Так, например, Антуан Бурбон командовал королевскими войсками и был смертельно ранен при осаде Руана, захваченного гугенотами. Королевские войска брали один город за другим. Принц Конде попал в плен к герцогу Гизу, а коннетабль Монморанси был захвачен гугенотами. В феврале 1563 г., когда Франсуа Гиз осаждал Орлеан, в его лагерь перебежал дворянин-гугенот Польтро де Мере. Вдохновленный примерами библейских и римских героев, он застрелил герцога Гиза и хладнокровно принял мучения и казнь, считая, что он освободил город праведников от тирана.
Воспользовавшись тем, что ее видные соперники были убиты или находились в плену, Екатерина Медичи вернулась к политике умиротворения и лавирования между враждующими сторонами. Она заключила мир и попыталась укрепить пошатнувшийся авторитет королевской власти. Личность Екатерины Медичи, этой «черной королевы» (так ее называли потому, что она не снимала траурной одежды после злосчастного турнира, на котором погиб ее муж), обросла большим количеством легенд. И современники, и историки, и особенно позднейшие беллетристы видели в ней чуть ли не причину всех бед Франции. Женщина, пытавшаяся проводить самостоятельную политику, иностранка, привлекавшая ко двору своих земляков-итальянцев, расчетливый правитель, знакомый с учеными трактатами, в том числе с трудами Никколо Макиавелли, — все это делало ее мишенью для критики враждующих между собой сторон.
Более чем два года королева-мать путешествовала вместе с Карлом IX по Франции, организуя торжественные въезды в города и встречи с дворянством. Подтверждая местные привилегии, Екатерина Медичи стремилась выдвигать на важные посты верных королю людей и тем самым ослабить всевластие феодальных клиентел. Подчеркнутая пышность королевского двора (и в особенности «летучий батальон» прекрасных придворных дам) была призвана смягчить воинственность и жестокие нравы дворян и превратить их в придворных. Королева надеялась установить «союз сердец», основанный на неоплатонической идее всеобщей любви. Отсюда и ее увлечение астрологией и герметическими знаниями — тайными учениями, восходящими к мифическому египетскому мудрецу Гермесу Трисмегестусу и полностью закрытыми для непосвященных.
Но изменить логику гражданской войны правительству не удалось. В 1567 г. кальвинисты попытались внезапно захватить короля (так называемый сюрприз в Мо). Война вспыхнула вновь. В битвах при Монконтуре и Жарнаке королевской армии под командованием младшего брата короля герцога Анжуйского удалось нанести поражение гугенотам (руководил сражениями опытный маршал Таванн). Под Жарнаком был ранен и в очередной раз захвачен в плен принц Конде. Но если раньше с ним обходились по-рыцарски, то на сей раз герцог Анжуйский велел пристрелить его. Тем не менее протестантскому вождю адмиралу Гаспару де Колиньи удалось совершить несколько удачных походов и угрожать столице.
И вновь Екатерина Медичи решает закончить эту религиозную войну миром. Он был подписан в Сен-Жермене в 1570 г. Протестантам опять позволили совершать богослужения вне городских стен, а также разрешили занимать государственные королевские должности. Колиньи был введен в Королевский совет. Объявили всеобщую амнистию. В обеспечение этих условий гугенотам предоставлялось несколько крепостей, и в частности Ла-Рошель. Католики были крайне недовольны такими условиями, казавшимися им унизительными после побед в войне. Но правительство опасалось чрезмерного усиления ультракатолической партии, возглавляемой Генрихом, сыном Франсуа Гиза, мечтавшим отомстить Колиньи за смерть отца.
Екатерина Медичи решила восстановить мир в стране путем династического брака. Сестра короля Маргарита Валуа должна была вступить в брак с вождем гугенотов Генрихом Наваррским — сыном Антуана Бурбона и Жанны д’Альбре, знатнейшим дворянином королевства.
Свадьба состоялась 19 августа 1572 г. На нее съехался цвет гугенотского дворянства. Пышные торжества и нескончаемый придворный праздник контрастировали с глухой враждебностью парижан к протестантам. В пятницу 22 августа адмирал Колиньи был ранен выстрелом в руку. Многие улики указывали на причастность к покушению Гизов.
У постели раненого адмирала собрались гугеноты, обсуждая, следует ли добиваться правосудия от короля или лучше бежать из Парижа и самостоятельно мстить Гизам, да и Карлу IX, раз он не смог защитить справедливость. Все это было высказано и самому королю, и Екатерине Медичи, пришедшим выразить свое сочувствие. Король обещал наказать виновных и прислал солдат для охраны дома.
Срочно был созван Королевский совет. По-видимому, короля удалось убедить в том, что для сохранения мира в стране следует провести превентивную акцию — устранить гугенотских вождей. В ночь на 24 августа (день св. Варфоломея) к дому, где находился Колиньи, явились люди Генриха Гиза, к которым примкнула стража, выставленная королем (ею командовал капитан из клиентелы Гизов). Адмирал был убит, а тело его выброшено в окно. Ударил набат. Отряды герцога Гиза и герцога Анжуйского врывались в дома, где разместились знатные гугеноты, и расправлялись с ними. Гугенотов убивали и в самом Лувре. Однако жизнь Генриху Наваррскому и его кузену принцу Конде-младшему сохранили, заставив перейти в католичество. Гугенотам, размещенным в предместье Сен-Жермен-де-Пре, также удалось спастись. В погромах приняла участие и городская милиция. Резня продолжалась еще неделю, перекинувшись в провинциальные города — Бордо, Тулузу, Орлеан, Лион. В одном только Париже погибло около 2 тыс. человек — гугенотская знать, парижане, подозреваемые в кальвинизме, и члены их семей.
Реакция короля была противоречивой. Утром 24 августа он отдал приказ о немедленном прекращении беспорядков. Однако Карл IX утверждал, что все свершилось по его воле и что он покарал мятежников. При этом король не аннулировал Сен-Жерменский мир, а, напротив, подтвердил его статьи о религиозной свободе, отменив лишь право гугенотов иметь собственные крепости.
Гугеноты быстро оправились от шока после Варфоломеевской ночи и уже в 1573 г. создали собственное политическое объединение — «Соединенные провинции юга». Раньше они надеялись подчинить себе короля и навязать свою веру королевству, теперь же практически создали независимое государство и отказывались признавать власть короля-тирана.
В том же 1573 году королевская армия осадила гугенотскую Ла-Рошель, однако командующий армией брат короля герцог Генрих Анжуйский вскоре заключил с гугенотами мир. Он поспешил закончить войну, поскольку получил известие о своем избрании на польский престол.
В 1576 г. младший брат короля герцог Алансонский подписал с гугенотами еще один мирный договор. Протестантам были переданы 12 крепостей, дарована свобода вероисповедания повсюду, кроме Парижа. Признавалось и политическое объединение гугенотов. Кроме того, правительство оценило события Варфоломеевской ночи как преступление и возвращало конфискованное у гугенотов имущество. Возмущенные условиями мира католики создали свою организацию — Католическую лигу. Ее участники были связаны между собой взаимной присягой. Во главе лиги встали католические принцы, в первую очередь Генрих Гиз, а также жители «добрых городов».
Узнав в 1574 г. о смерти своего брата Карла IX, Генрих Валуа тайно покинул Польшу. В 1575 г. он был коронован в Реймсе и воцарился на французском престоле под именем Генриха III (1574-1589).
Новый король оказался в трудном положении. Гугеноты, по существу, создали на юге Франции свое государство. Младший брат Генриха III герцог Алансонский заключил с ними мир (1576) не без выгоды для себя. Согласно его условиям, он получил Анжу (и с тех пор именовался герцогом Анжуйским), Турень и Берри. Король Наварры Генрих Наваррский получил Гиень, а принц Конде — Пикардию. Гизам достались пять областей. Католическая лига потребовала «возвращения французским провинциям тех прав, преимуществ и старинных вольностей, какими они пользовались при короле Хлодвиге». Таким образом, и католики, и гугеноты, и «политики» (королевская придворная партия, поддерживаемая парижским и провинциальным чиновничеством) выдвигали весьма схожие антиабсолютистские программы.