Весной 1586 г. Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. На подкуп московских купцов и «черных людей» были потрачены крупные суммы. Шуйские распускали самые нелепые слухи. Так, например, Борису Годунову приписывалось намерение свергнуть с престола Федора и посадить на царский трон католика — австрийского принца, женив его на царице Ирине.

Борис Годунов, в свою очередь, передал большие суммы начальникам всех стрелецких полков.

В те времена в Московском государстве тщательно скрывались все народные восстания. Поэтому о бунте московского населения в мае 1586 г. никаких официальных документов не сохранилось. Мало того, в конце 1586 г. русские послы в Польше и Австрии категорически опровергали слухи о том, что царь Федор в «Кремле-городе в осаде сидел». Они говорили: «Того не бывало, то нехто сказывал негораздо, бездельник. От ково, от мужиков в осаде сидеть? А сторожи в городе и по воротам, то не ново, издавна так ведетца для всякого береженья».

Однако расходные книги Чудова монастыря засвидетельствовали факт осады Кремля с полной неопровержимостью. В середине мая 1586 г. монастырь закупал боеприпасы «для осадного времени». Как видим, монастырские служки и холопы в дни осады охраняли кремлевские стены вместе с верными Годуновым стрельцами.

Поднимать население на восстание — дело крайне опасное, особенно когда зачинщики восстания стремятся не к радикальным переменам, а к простой смене правителей. Это еще раз показал московский бунт 1586 г. — чернь вышла из-под контроля Шуйских. Уничтожение клана Годуновых и, возможно Романовых, могло произойти только ценой большой крови и полного разгрома стрельцов. А что потом? Смогли бы в случае победы Шуйские обуздать московскую чернь? Однозначных ответов на эти вопросы у Шуйских, видимо, не было, и они решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. В нашей исторической литературе его принято называть сторонником Шуйских. На самом же деле Дионисий был хитрым и чрезвычайно честолюбивым человеком. Его поведение свидетельствует о том, что он не желал полной победы ни Шуйским, ни Годуновым. А сторону тех и других Дионисий принимал исключительно из тактических соображений. Он вел свою борьбу за власть. Заметим, у него было много шансов на успех. Дионисий мечтал стать наставником и фактическим правителем при набожном царе Федоре. В Средние века отмечены десятки случаев, когда глава церкви становился главой светской власти при неспособном правителе.

С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские помирились с Годуновыми. Из толпы вышли два купца и сказали князю: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасть, и нам погибнуть». В ту же ночь эти два купца были схвачены.

Какое-то время условия соглашения между Годуновыми и Шуйскими более менее выполнялись обеими сторонами. А тем временем Шуйские готовили страшный удар Борису — развод царя Федора с Ириной. (У Федора с Ириной не было детей, хотя царица неоднократно беременела, но каждый раз случались выкидыши.)

Вскоре представители земства вместе с митрополитом явились во дворец и подали царю Федору прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Прошение это было равнозначно соборному приговору: его подписали князь Иван Шуйский и ряд членов Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и вожди посада — гости и торговые люди.

Шуйские недооценили характер Федора. Еще в последние годы жизни Иван Грозный пытался заставить развестись Федора, но каждый раз наталкивался на решительное сопротивление. Применить же крайние меры после убийства царевича Ивана Грозный не решался. Сейчас же развода требовал не свирепый царь-отец, а подданные. Заметим, что хотя Федор не любил лезть в государственные дела и доверял это ближним боярам, но при этом никогда не считал их равными себе.

Царь категорически отверг идею развода. Кроме того, красноречивому Борису удалось перетащить на свою сторону митрополита Дионисия. Вопрос о разводе царя был снят.

Настал черед и Годунову нанести ответный удар. Шуйских он решил оставить напоследок, а пока надо было свергнуть церковную верхушку. 13 октября 1586 г. по приказу царя митрополит Дионисий был лишен сана. Борис Годунов довольно мягко обошелся с честолюбивым митрополитом. Дионисия сослали в новгородский Спасский Хутынский монастырь, игуменом которого он был до своего назначения на митрополию. Его ближайшего сподвижника сарайского и крутицкого епископа Варлаама Пушкина отправили в Антониев монастырь в Новгороде. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении. Место Дионисия на митрополичьей кафедре занял Иов.

Согласно «Истории патриарха Иова», в апреле 1569 г. Иван Грозный посетил Успенский монастырь, стоявший на берегу Волги напротив города Старицы. Царь обратил внимание на молодого монаха Иова — воспитанника архимандрита Германа. Был он красив, имел приятный голос, проникновенно читал наизусть Писание и произносил слова молитв столь трогательно, что Грозный царь со своими опричниками плакали в умилении... Царь повелел произвести Иова в архимандриты.

Родители Иова были простыми посадскими людьми, так что путь к светской карьере их сыну был закрыт. Но успехи в церковной карьере зависели гораздо больше от личных качеств человека, нежели от его происхождения.

В 1571 г. Иов становится архимандритом московского Симонова Успенского монастыря, а через четыре года — архимандритом более престижного Новоспасского монастыря. 16 апреля 1581 г. Иов был рукоположен в сан епископа коломенского.

По свидетельствам современников, Иов имел достаточно хорошее образование, но был человеком посредственным. Такие люди навсегда задерживаются на средних ступенях служебной лестницы, они являются хорошими исполнителями, но мало подходят на роль главных действующих лиц.

9 января 1586 г., в разгар борьбы с Шуйскими, по велению Годунова Иова перевели из Коломны в Ростов и назначили архиепископом ростовским, ярославским и белозерским. Пробыв архиепископом менее года, Иов уже 11 декабря 1586 г. занял митрополичью кафедру.

В середине декабря 1586 г. Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан. О подробностях мятежа официальные летописцы молчат. Но любопытно донесение витебского воеводы польскому королю, отправленное в конце декабря. Воевода писал, что мятеж горожан в Москве возглавил Андрей Иванович Шуйский. Восставшие якобы напали на двор Годуновых и разгромили его. При штурме двора был убит сам Борис и 800 человек его сторонников. На самом деле штурм годуновского подворья не удался, и сам мятеж был подавлен.

Расправа над побежденными на сей раз была жестче. Купец Федор Нагай и шесть купцов — сторонников Шуйских были публично казнены у Кремлевской стены. Десятки торговых людей разослали по разным городам «на житье».

Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 г. Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 г. старец Иов преставился, причем недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современникам, ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря?!

Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.